Как учесть корректирующий счет-фактуру при погашении задолженности за прошлый период новым договором?

Добрый вечер! Вопрос такой  у нас был договор с ООО на строительно-монтажные работы, закрыли его 29.12.2014 года КСки  и сф, сумма 10 000 000,00, сф вошла в декларацию ндс за 4 квл 2014 года, налоги заплатили. Подрядчик остался нам должен 2 000 000,00. В 3 квартале 2016 года подписали другой договор, по которому частично переходят обязательства предыдущего договора, там прилагаются корректирующие КСки, сумма нового договора 5 500 000,00. Договор передали только в этом квартале (министерство обороны, спец счет).
Вопрос- подрядчик просит сф на 5 500 000,00 по новому договору. она должна быть от 01.08.2016 года, т.е 3 квартал 2016 года, и мне нужно сделать корректирующую сф на разницу, если я правильно понимаю на 4 500 000,00. и тогда получится что в 3 квартале мы должны будем оплатить ндс с 1 000 000,00. но мы уже платили ндс в 4 квартале 2014 года его тоже корректировать или как правильно сделать?

Всем спасибо, все сделала, со всем разобралась